Kardinaal Ratzinger, prefect van de congregatie van Geloofsleer, schrijft dat het "sleutelwoord" van het derde geheim van Fatima "de drievoudige roep: Boete, Boete, Boete!" is. Deze woorden zijn verschenen in zijn theologische commentaar dat gepubliceerd is aan het einde van het document dat 26 juni 2000 door de Heilige Stoel openbaar is gemaakt. Kardinaal Ratzinger stelt verder dat andere sleutelwoorden zijn: "mijn Onbevlekte hart zal triomferen" en "het hart open naar God gelouterd door beschouwing op God, is sterker dan welke geweren en wapens ook. Het ‘fiat’ van Maria, het woord uit haar hart, heeft de geschiedenis van de wereld veranderd".

Het theologische commentaar van de prefect van de congregatie van Geloofsleer is verdeeld in drie delen: "publieke en privé-openbaringen – hun theologische status"; "de antropologische structuur van privé-openbaringen" en "een poging om het ‘geheim’ van Fatima te interpreteren".

"De term ‘publieke openbaring’ verwijst naar de publieke handelingen van God aan de totale mensheid en waarvan de literaire expressie terug te vinden is in de twee delen van de Bijbel: het Oude en het Nieuwe Testament. Het wordt genoemd ‘Openbaring’ omdat God zich hierin geleidelijk aan de mens bekend maakt , tot aan het punt waarop Hij zelf mens wordt om zo de hele wereld naar zich toe te trekken en met Zichzelf te verenigen door Zijn Vleesgeworden Zoon, Jezus Christus. …In Christus heeft God alles gezegd dat is, Hij heeft zich totaal geopenbaard en daarom eindigde de Openbaring met de vervulling van het mysterie van Christus als verkondigd in het Nieuwe Testament.

’Privé-openbaringen’, daarentegen, "verwijzen naar alle visioenen en openbaringen die plaats hebben gevonden na de voltooiing van het Nieuwe Testament. Dit is de categorie waarin we de Boodschap van Fatima moeten plaatsen……. De autoriteit van privé-openbaringen is wezenlijk anders dan die van de definitieve publieke Openbaring. Het laatstgenoemde vraagt geloof." Privé-openbaringen daarentegen "zijn een hulp voor dit geloof en toont zijn geloofwaardigheid juist door het terugleiden naar de definitieve publieke Openbaring.

De Vlaamse theoloog E. Dhanis citerende bevestigt kardinaal Ratzinger dat "kerkelijke goedkeuring van een privé-openbaring drie elementen kent: de Boodschap bevat niets tegengesteld aan het geloof of moraal; het is geoorloofd het te publiceren; en de gelovigen zijn gewettigd het met voorzichtigheid te accepteren. Zo’n boodschap kan een oprechte hulp zijn het Evangelie te begrijpen en beter te beleven op bijzondere momenten in het leven; daarom moet het niet worden veronachtzaamd. Het is een hulp die aangeboden wordt, maar die men niet verplicht is aan te nemen".

Kardinaal Ratzinger zegt ook dat "profetie in bijbelse zin niet betekent het voorspellen van de toekomst, maar het uitleggen van de wil van God in het heden en hierdoor het juiste pad voor de toekomst te tonen."

Het meest belangrijke deel van het theologische commentaar is toegewijd aan: "een poging om het ‘geheim’ van Fatima te interpreteren". Op dezelfde wijze als het sleutelwoord van het eerste en tweede deel van het ‘geheim’ ‘zielen redden’ is, is "het sleutelwoord" voor het derde deel de drievoudige roep: ‘Boete, Boete, Boete!". Het begin van het Evangelie komt in onze gedachten: ‘Heb berouw en geloof in het Goede Nieuws’. Om de tekenen des tijds te begrijpen betekent: de noodzaak te accepteren van boete, van bekering, van geloof. Dit is het juiste antwoord van dit moment in de geschiedenis, gekarakteriseerd door de ernstige gevaren in de beelden die volgen. Sta me toe hier een persoonlijke herinnering aan toe te voegen: in een gesprek zei zuster Lucia tot mij dat het haar steeds duidelijker werd dat de bedoeling van alle verschijningen was om mensen te helpen meer te groeien in geloof, hoop en liefde, al het andere was bedoeld hiertoe te leiden."

De prefect van de congregatie van Geloofsleer overweegt dan de "beelden" van het geheim: "de engel met het vlammende zwaard aan de linkerzijde van de Moeder Gods roept soortgelijke beelden op in het boek Openbaringen. Deze stelt het eindoordeel voor wat de wereld staat de wachten. Tegenwoordig lijkt het vooruitzicht dat de wereld door een vuurzee in as wordt gelegd niet meer louter fantasie; de mens zelf, met zijn uitvindingen, heeft het vlammend zwaard vervalst."

"Het visioen toont dan de macht die tegenover de vernietigingskracht staat. De glans van de Moeder Gods en de vermaning tot boete. Op deze wijze wordt de belangrijkheid van de vrijheid van de mens onderstreept: de toekomst is geen onveranderlijk gegeven en het beeld wat de kinderen zagen is in geen geval een voorvertoning van een toekomst waarin niets kan worden veranderd. Inderdaad, het hele punt van het visoen is om vrijheid te brengen in het schouwspel en om vrijheid in een positieve weg te sturen. Daarom moeten we weinig geloof hechten aan de noodlottige uitleggingen van het ‘geheim’, zoals bijvoorbeeld de bewering dat de zogenaamde moordenaar op 13 mei 1981 een instrument was van de goddelijke Voorzienigheid. ….Eerder spreekt het visioen van gevaren en hoe we hiervan gered kunnen worden."

Kardinaal Ratzinger legt uit dat "de plaats van handeling wordt beschreven in drie symbolen: een steile berg, een grote vervallen stad en tenslotte een groot ruw gekapt kruis. De berg en stad symboliseren het strijdperk van de menselijke geschiedenis; geschiedenis als een zware beklimming naar de top, geschiedenis als het strijdperk van menselijke creativiteit en sociale harmonie, maar tegelijkertijd een plaats van vernietiging, waar men feitelijk de vruchten van eigen werk verwoest. ….Op de berg staat het kruis: het doel en de gids van geschiedenis. Het kruis verandert verwoesting in redding; het staat als een teken voor de misère van de geschiedenis, maar ook als een belofte voor de geschiedenis.

Op dit punt verschijnen menselijke personen: de bisschop gekleed in het wit (‘wij hadden de indruk dat het de Heilige Vader was’), andere bisschoppen, priesters, mannelijke en vrouwelijker religieuzen, en mannen en vrouwen van verschillende rangen en standen. De Paus lijkt de anderen voor te gaan, trillend en lijdend vanwege alle verschrikkingen om hem heen. Niet alleen liggen de huizen van de stad half in puin, maar hij gaat zijn weg temidden van dode lichamen. Het Kerkelijke pad is zo omschreven als een ‘Via Crucis’, als een reis door een tijd van geweld, verwoesting en vervolging. De geschiedenis van een gehele eeuw kan in dit beeld worden gezien. Net zoals de plaatsen op aarde symbolisch beschreven worden in de twee beelden van de berg en de stad en worden gericht op het kruis, zo wordt ook de tijd voorgesteld op bondige wijze.

"In het visioen kunnen we de laatste eeuw herkennen als een eeuw van martelaren, een eeuw van lijden en vervolging van de Kerk, een eeuw van Wereldoorlogen en de vele lokale oorlogen van de laatste vijftig jaren die ongehoorde vormen van gewelddadigheid hebben toegebracht. In de ‘spiegel’ van het visioen zien we decennium na decennium de getuigen van het geloof aan ons voorbij gaan."

De kardinaal verklaart ook dat "in de ‘Via Crucis’ van een gehele eeuw de figuur van de Paus een speciale rol heeft. In zijn moeilijke beklimming van de berg kunnen wij zonder twijfel een samenkomen zien van verschillende Pausen. Beginnend bij Paus Pius X tot de huidige Paus, deelden zij allen in het lijden van de eeuw en worstelden om door alle smart voort te gaan over het pad wat naar het Kruis leidt. In het visoen wordt de Paus ook gedood samen met de martelaren. Toen, na de poging tot moord op 13 mei 1981, de Paus de tekst van het derde deel van het ‘geheim’ naar zich toe liet brengen, leek het niet onvermijdelijk dat hij hierin zijn eigen noodlot zou zien? Hij was erg dicht bij de dood geweest, en hij legde zelf zijn overleving uit met de volgende woorden:’….. het was een moeders hand dat het pad van de kogel leidde en in hevige pijnen stopte de Paus op de drempel van de dood’(13 mei 1994). Dat hier een moeders hand de noodlottige kogel liet afwijken toont des te meer dat er geen onveranderlijke bestemming is, dat geloof en gebed krachten zijn die de geschiedenis kunnen beïnvloeden en dat het gebed tenslotte krachtiger is dan kogels en geloof krachtiger is dan het leger."

In het slot van het geheim, vervolgt de kardinaal, "worden beelden gebruikt die Lucia gezien kan hebben in devotieboeken en die hun ingevingen oproepen van oude geloofsintuïties. Het is een troostend visioen die tracht een geschiedenis van bloed en tranen te openen voor de helende kracht van God. Onder de armen van het kruis verzamelen engelen het bloed van de martelaren en geven hiermee leven aan de zielen op weg naar God. Hier wordt het bloed van Christus en het bloed van de martelaren als één beschouwd: het bloed van de martelaren stroomt van de armen van het kruis. De martelaren sterven in gemeenschap met het Lijden van Christus en hun dood wordt één met Zijn dood.

"Het visioen van het derde deel van het ‘geheim’, die op het eerste gezicht zo benauwend is, eindigt met een beeld van hoop: geen lijden is tevergeefs, en het is een lijdende Kerk, een Kerk van martelaren, die een wegwijzer wordt voor de mens in zijn zoektocht naar God. …Van het lijden van de getuigen komt een louterende en vernieuwende kracht, omdat hun lijden de actualisering is van het lijden van Christus zelf en een verbinding in het hier en nu van zijn reddende invloed."

"Wat is de betekenis van het ‘geheim’ van Fatima in zijn geheel?" vraagt de kardinaal: "Allereerst moeten wij kardinaal Sodano bevestigen: ‘….de gebeurtenissen waar het derde deel van het ‘geheim’ van Fatima naar verwijzen lijken deel van het verleden te zijn’. In zoverre de individuele gebeurtenissen beschreven zijn , behoren ze tot het verleden. Zij die opwindende apocalyptische openbaringen over het einde van de wereld of de toekomstige loop van de geschiedenis verwachtten moeten zeker worden teleurgesteld. Fatima voldoet onze nieuwsgierigheid niet op deze wijze, net zoals het Christelijk geloof in het algemeen niet kan worden gereduceerd tot een object van nieuwsgierigheid. Wat overblijft was reeds duidelijk toen wij onze overwegingen begonnen over de tekst van het ‘geheim’: de aansporing tot gebed als het pad voor 'redding van onze zielen' en eveneens de aansporing tot boete en bekering.

"Ik zou als laatste een andere sleuteluitdrukking van het ‘geheim’ willen noemen, wat even beroemd is geworden: ‘mijn Onbevlekte hart zal triomferen’. Wat betekent dit? Het hart open naar God, gelouterd door beschouwingen op God, is sterker dan welke geweren en wapens ook. Het ‘fiat’ van Maria, het woord uit haar hart, heeft de geschiedenis van de wereld veranderd, omdat het de Verlosser in de wereld bracht; omdat dankzij haar ‘ja’ God mens kon worden in onze wereld en voor altijd blijft. De duivel heeft macht in deze wereld, zoals wij voortdurend zien en ervaren; hij heeft macht omdat onze vrijheid zich voortdurend af laat leiden van God.

"Maar sedert God zelf een menselijk hart aannam en zo de menselijke vrijheid heeft geleid naar wat goed is, heeft de vrijheid om het slechte te kiezen niet het laatste woord. Vanaf die tijd is het woord dat zegeviert deze:’in de wereld zal je tegenspoed ondervinden, maar houdt moed; Ik heb de wereld overwonnen’. De boodschap van Fatima nodigt ons uit op deze belofte te vertrouwen."